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Visitando il tuo sito, mi pare però che non sia maluccio ...

Sì, guarda un po' qui:

http://www.pagerobot.com/prodotti-3

Questi server sicuramente sono molto meno massacrati della stragrande maggioranza, ma hanno anche un costo diverso :)

Se vuoi posso...

I problemi con Linux incominciano da qualche decina di migliaia di file, tipo 60-90.000, per ogni cartella. FTP potrebbe non essere in grado di elencarle, ma sono comunque accessibili con facilità.

I sistemi Windows possono avere problemi con troppi file, ma diciamo da 15 mila file in su. 2000 dovrebbero essere ancora gestibile. Anche se sono molti. Meglio dividere in più cartelle, se...