Ricerca:

Pannello Amministratore -> Avatar -> Tipo Archiviazione Immagine Utente. Da qui scegli se salvare gli avatar e le altre varie immagini nel database o in una cartella sul server.

Se non hai modificato il tipo di archiviazione degli avatar, allora vengono salvati nel database. Nessun problema quindi se segui la procedura di eliminare tutto per fare un po' di pulizia. :)

Se li hai salvati in delle cartelle, basta che non elimini le cartelle menzionate sopra e sei a posto, mentre invece se li salvi nel database non c'è alcun problema in assoluto riguardo a quelli.

Elimina tutti i prodotti aggiuntivi che hai, poi esegui l'aggiornamento all'ultima versione eliminando prima tutti i file della versione attuale (tranne il config.php e tutte le eventuali immagini...

Io (uso sempre l'ultima versione :)), ed eccetto i bug "normali", non ho avuto particolari problemi.

Un prodotto di per sè potrebbe non dare problemi, ma potrebbe causarne se usato insieme ad un altro..
Se delle cose accadono a te ma non ad altri può dipendere anche da elementi quali server,...

Rimanere su una versione più vecchia non è poi così rischioso di solito, un sacco di siti non eseguono gli aggiornamenti di sicurezza ma impiegano tempi piuttosto lunghi per aggiornare.
La 4.0.3...

Premettendo che trovo che "chiuse" nella frase "Le modifiche di questo template sono state chiuse automaticamente" manchi di senso, per ipotesi direi che sia la frase che dice che i cambiamenti fatti...